Pequeños productores indígenas de la región del Istmo, Sierra Mixe y la Zona Costa del estado de Oaxaca cultivan café orgánico en parcelas megadiversas, que cumplen con las normas del Consejo Civil Mexicano para la Cafeticultura sustentable. Es decir, se produce en cafetales que tienen cuando menos 10 especies diferentes de árboles de sombra, dos a tres estratos o multiestratos, con especies emergentes, protección a los cauces de agua, las especies epífitas (bromelias y orquídeas). De esta manera, el cafetal es productivo, contribuye a la biodiversidad - en los cafetales de UCIRI cuando menos deben tenerse 10 especies de árboles- y promueve un uso sustentable de los recursos del suelo. Como parte de la producción orgánica, se le aplican abonos naturales, control biológico de las plagas y se tiene un manejo de conservación de suelos que consiste en uso de barreras vivas o terrazas de piedra.

Del interés del grupo por la producción orgánica surgió hace años un contacto con la Finca Irlanda, en México, quien contaba con la certificación desde 1984. Un equipo de técnicos y socios de UCIRI visitó esta finca para capacitarse, adaptar la tecnología y reproducirla al interior de la Unión, con lo cual se convirtió en la primera organización indígena del país en contar con producción orgánica certificada. Hoy, además de Certimex, está suscrita al esquema de comercio justo Fairtrade Labelling Organization en Europa (FLO).

Cada socio de UCIRI produce su café en sus parcelas, ellos mismos recolectan el café y lo benefician. Aunque la participación de los socios de la Unión se limita al beneficio seco, toda la cadena de producción es supervisada por los Consejos de Administración y Vigilancia, socios de la organización y todo el personal, desde los responsables de la asistencia técnica, control de acopio, procesamiento, calidad, tostado y molido, calidad y almacenamiento, son socios o hijos de los socios de UCIRI.

A pesar de que el café no tiene un arraigo secular que trascienda a la colonia, su cultivo ha tenido tal importancia en la vida económica y social de la región que ha impactado los eventos culturales. Así, la Unión celebra cada tres años (en los buenos tiempos del precio del café era anual) el Festival Campesino, en el cual se agradece a Dios por las cosechas, evento durante el cual se elije un nuevo consejo de administración de La UCIRI. La festividad es ecuménica, en respeto y armonía con todas las creencias religiosas. Durante el festival se presentan canciones, poesías, bailables, artesanías, pinturas, danzas, gastronomía y cualquier otra manifestación de las comunidades socias.

Con más de 120 años de ser cultivado en la región, el café se ha adaptado, dando un fruto cuyas cualidades organolépticas están a la altura de los mejores del mundo.